小智一行人抵达了小光预备参加宝可梦华丽大赛的白杨镇，在那里他们认识了驾驶热气球的在地女子艾莉丝、其青梅竹马东尼欧，以及艾伯特男爵。由于艾伯特男爵认定隐居于城镇庭园中的黑暗宝可梦-达克莱伊是近日来破坏城镇的元凶，并准备讨伐它。 然而东尼欧的想法却不同，他侦测到在白杨镇的上方有一股异常的冲击波，而那正是传说中分别掌控时间的帝牙卢卡与空间的帕路奇犽这两大传说中的宝可梦在次元夹缝中大战所造成；而达克莱伊的攻击正是为了让它们远离这座城镇。随着两大神之宝可梦的争斗越来越激烈，终于在白杨镇的名景“时空之塔”的上方产生了空间裂缝，战场也随之转移到了白杨镇。小智他们该如何阻止这场危机？而众人对达克莱伊的误解又会如何化解？好看又刺激的一场争斗即将展开！

小智一行人抵达了小光预备参加神奇宝贝华丽大赛的白杨镇，在那里他们认识了驾驶热气球的女子艾莉丝、其青梅竹马东尼欧，以及艾伯特男爵。由于艾伯特男爵认定隐居于城镇庭园中的黑暗神奇宝贝-达克莱伊是近日来破坏城镇的元凶，并准备讨伐它。 然而东尼欧的想法却不同，他侦测到在白杨镇的上方有一股异常的冲击波，而那正是传说中分别掌控时间的帝牙卢卡与空间的帕路奇犽这两大传说神奇宝贝在次元夹缝中大战所造成；而达克莱伊的攻击正是为了让它们远离这座城镇。随着两大传说神奇宝贝的争斗越来越激烈，终于在白杨镇的名景“时空之塔”的上方产生了空间裂缝，战场也随之转移到了白杨镇。小智他们该如何阻止这场危机？而众人对达克莱伊的误解又会如何化解？好看又刺激的一场争斗即将展开!

持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小霞（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ 配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被当地所有人讨厌，但是它似乎想将某种危险、恐怖的信息及时传给小智一行，关于时空之塔的秘密即将揭开……

南海小岛上有个传说，火之神、冰之神、雷之神被人类触怒之时，就是世界毁灭的日子。 疯狂的收藏家吉尔露太为了引出传说中的海之神洛奇亚，捕捉了亚西亚岛的火焰鸟，导致世界各地开始出现天灾地变的异象。这时正好小智一行人来到亚西亚岛，并在当地庆典活动中被推举扮演传说中的控制者。控制者必须到神鸟的三座岛屿中取得三种宝藏，在取宝藏的过程中，小智目赌神鸟被吉尔露太抓走。 疯狂收藏家吉尔露太为了个人私欲不顾世界的存亡固然令人气愤，可是当神鸟被小智释放后，竟不顾一切的展开疯狂攻击。眼看著世界末日的预言真的要实现…

小智（松本梨香 配音）一行人在海上遇见了危险的风暴，流落到了橘子群岛中的亚西亚岛上，这里即将举行热闹的大型庆典，而小智在意外之中遇见了庆典的圣女弗卢拉（平松晶子 配音）。弗卢拉选中了小智作为庆典的“指挥者”，他的任务是前往三圣岛，找到隐藏在岛上的玻璃球。只有集齐三颗玻璃球，才能够正式开启庆典。 就这样，小智和伙伴们踏上了寻找玻璃球的旅途，哪知道不仅遇到了前来捣乱的火箭队，还遭到了闪电鸟的袭击。就在千钧一发之际，吉尔露现身捕捉了闪电鸟，之后又企图捕捉急冻鸟，吉尔露的最终目的，是召唤出传说中的神兽洛奇亚。让吉尔露没有想到的是，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟之前竟然开始了激烈的战斗。

一百年前，沙漠城市“荒漠市”因宝可梦们的对战而蒙受极大损害，这场对战的开端，则源自某只宝可梦的存在。然而这只宝可梦遭到某个人封印，如今荒漠市已恢复以往的宁静。 小智与皮卡丘等人在旅行途中，遇见拥有“能从光环拿出所有物品”能力的幻之宝可梦—胡帕，以及照顾它的少女“梅雅利”。爱捣蛋的胡帕，以从那个神奇光环中拿出它最爱的甜甜圈，还有各种物品来吓人为乐。彻底成为好朋友的胡帕和小智等人，决定一起去旅行。

小智与皮卡丘小智一行人在旅行途中，遇见拥有“能从光环拿出所有物品”能力的幻之宝可梦—胡帕，以及照顾它的少女“梅雅利”。爱捣蛋的胡帕，以从那个神奇光环中拿出它最爱的甜甜圈，还有各种物品来吓人为乐。喜欢捣蛋又天真无邪的胡帕，还称呼小智和皮卡丘为“小知”跟“皮卡”，彻底成为好朋友的胡帕和小智等人，决定一起去旅行。

《精灵宝可梦》动画改编自同名游戏，讲述了立志成为宝可梦大师的小智和皮卡丘结伴旅行的故事。一路上，小智邂逅了不少同伴、劲敌、好友，和他们展开了一次又一次冒险。《精灵宝可梦 无印》共分为关都地区石英联盟、橘子群岛橘子联盟、城都地区城都联盟三个部分，因本作品无副标题，故又称为"无印"篇。

由杜勋顿所带领的海盗集团，在海中取得有“苍海的王子”之称的玛纳霏的蛋，企图用以不法之事。但随即被从中卧底的神奇宝贝保育家杰克·渥卡所夺走。 之后，小智等人在旅途中因缺乏水源，而与一群为“水之民”后代的马戏团家族结识。当晚小遥梦见一座神殿。后经广美的解说，众人方知他们正在替杰克保管玛纳霏的蛋，而那神殿正是它的故乡，名为亚克夏。 随后，杜勋顿等人闻讯前来想把蛋抢回。在混乱之中，玛纳霏在小遥手中孵化了。大家便决定将它送回神殿；而杜勋顿为了得到隐藏在神殿内的宝物“海之王冠”，极需要玛纳霏来替自己找出神殿的正确位置，便在后跟踪。一场惊险的行动就此展开....

由幽灵·杜鲁布所带领的海盗集团，在海中取得有“苍海的王子”之称的玛纳霏的蛋，企图用以不法之事。但随即被从中卧底的神奇宝贝保育家杰克·渥卡所夺走。 之后，小智等人在旅途中因缺乏水源，而与一群为“水之民”后代的马戏团家族结识。当晚小遥梦见一座神殿。后经广美的解说，众人方知他们正在替杰克保管玛纳霏的蛋，而那神殿正是它的故乡，名为亚克夏。 随后，幽灵等人闻讯前来想把蛋抢回。在混乱之中，玛纳霏在小遥手中孵化了。大家便决定将它送回神殿；而幽灵为了得到隐藏在神殿内的宝物“海之王冠”，极需要玛纳霏来替自己找出神殿的正确位置，便在后跟踪。一场惊险的行动就此展开....